На семена наиболее подходят плоды с характерными для данного сорта цветом, формой и размерами. Отбирать их желательно в середине урожая, первые и последние плоды на кусте не подходят они, как правило, более мелкие. Важен вкус плода и семян, не должно быть горечи, дело в том, что сладкий перец часто опыляется близрастущим горьким и в дальнейшем он становится сладко-горьким. Этого можно избежать, если выращивать горький перец отдельно, не ближе 30 метров от сладкого. Перед посадкой будущую горечь сладкого перца можно определить с помощью раскусывания одного семечка из пакета, если присутствует хоть малейшая горчинка, эти семена сажать не следует, перец получится сладко-горьким.
Для извлечения семян, ножом срезают плодоножку с плацентой и сразу отделяют семена. Надолго оставлять семена на плодоножке нельзя, из-за выделяемого из надрезов сока теряется желтая окраска семян, они буреют и портятся, промывать их также нельзя от воды они становятся серыми и впоследствии плохо хранятся.
Выбранные и разложенные тонким слоем на бумаге семена сушат в сухом проветриваемом помещении 1-2 недели, а затем упаковывают, подписывают, и отправляют на дальнейшее хранение. При хранении нежелательны резкие перепады температуры и повышенная влажность. Срок хранения семян перца — 3-5 лет.
